Au centre ville de Pouilly en Auxois, le canal passe dans un souterrain de 3 333m qui est apelé la Voûte de Pouilly. Elle a été construite en seulement 7 ans, de 1825 à 1832, en creusant 32 puits d’aération. Si les ouvriers avaient creusés seulement à partir des deux extrémités, le travail aurait duré plus de 50 ans.

Vous pouvez maintenant contempler ces puits d’aération le long de la véloroute de Pouilly en Auxois au port d’Escommes. Des puits ont été rebouchés pour n'en garder que 12 pour aérer le tunnel. Il y a eu malheureusement presque 200 morts pendant la construction de ce souterrain.

Cependant, la Voûte ne comporte pas de marchepied. Il était donc impossible aux chevaux de continuer à tirer la péniche sous le souterrain. Après être passé par plusieurs procédés, le toueur électrique était le plus performant pour passer la Voûte. Il a été créé en 1893 et a fait sa dernière traversée en 1987. Vous pouvez le voir librement au port de Pouilly en Auxois car il repose sous une halle créée par l’architecte japonais Shigeru Ban.